Fauna 

Los seguimientos de fauna en el Espacio Natural Doñana abarcan un amplio abanico de comunidades y especies, tanto acuáticas como terrestres. Se trata en la mayoría de los casos de registrar la presencia de especies, su distribución y abundancia, para lo cual se usan variadas metodologías, tales como censos, muestreos, rastreos, etc. Entre los invertebrados se llevan a cabo protocolos de seguimiento de la comunidad de macroinvertebrados acuáticos, con uno específico para el cangrejo rojo americano, especie invasora que ha transformado las cadenas tróficas de Doñana. Se realizan seguimientos de dos coleópteros coprófagos, de la comunidad de mariposas diurnas, así como de la de hormigas afectadas por la presencia de la hormiga argentina, otra especie introducida. En el caso de los vertebrados, se siguen las comunidades de peces, anfibios, escamosos y galápagos, con un seguimiento propio para la tortuga mora.

El seguimiento de aves tiene una gran tradición en Doñana, dado su importancia como lugar de paso, cría o invernada de multitud de especies de aves europeas y africanas. Se siguen especialmente las aves acuáticas, las rapaces y los paseriformes, con protocolos específicos para seguir la invernada, la cría o el paso migratorio. Se llevan a cabo también seguimientos de especies comunes como la perdiz o la focha. Entre los mamíferos se siguen los micromamíferos, los carnívoros y los ungulados y, de forma específica, la rata de agua y el conejo, este último, una especie clave de los ecosistemas mediterráneos.